目前治疗手段主要是将软疣中的软疣小体挤出后涂以2%碘酒或石碳酸或三氯醋酸，亦可作冷冻治疗。有报告外用0.1%维甲酸酒精溶液局部治疗也有效。以上疗法各有不足，如挤法:患者较痛，有时出血，消毒不好易造成感染或自身接种。冷冻法冷冻后出现水疱，恢复过程慢，继发细菌感染等。

微波治疗传染性软疣是以疣体本身作为热源，利用本身丰富的液体产生不导电的热，是一种内部加热引起组织凝固。由于热量不扩散到外部，故局部热效应好。同时探头直接接触皮损，对位准确，不损伤正常组织。

某专家用微波治疗100例传染性软疣，疗效满意，方法简单，患者痛苦小，无创面，不出血。治疗时无炭化，因此无有害气体产生。病灶清除迅速，干净彻底，不污染衣物，恢复快，术后无需特殊处理，大大减少了继发交叉感染的机会，降低了医疗费用。

其方法是常规消毒皮肤后，将微波能量调至30W，将圆柱型探头紧贴软疣，每次接触时间为0.5～1s，治疗后软疣颜色变为灰白色，一次热辐射凝固完成，较大的软疣可再重复一次。术后2周复查。